Testarea genetica este posibilia, in prezent, pentru o varietate de sindroame genetice. In cadrul Departamentului de Oncogenetica din Iasi, se poate realiza diagnosticul molecular pentru cancerele mamare și ovariene familiale, polipoza adenomatoasa familiala sau cancerele colo-rectale non-polipozice, urmand ca baza de testare sa fie extinsa ulterior.
Diagnosticul molecular poate dura 6-12 luni.
Genele implicate in predispoziția ereditara la cancere și riscurile implicate:
- HBOC: genele BRCA1 si BRCA2;
- HNPCC: genele MMR (MSH2, MLH1, MSH6);
- AFP: gena APC.
Diagnosticul molecular oncogenetic se realizeaza prin secventierea completa a regiunilor exonice si a jonctiunilor intron/exon, utilizand tehnica dideoxy – Dye Terminator (Sanger sequencing).
Etapele necesare unui diagnostic molecular sunt:
- Extracția ADN
- Pre-screening mutațional (mutații recurente)
- Amplificarea PCR a regiunilor de interes
- Purificarea produșilor PCR
- Secvențierea ampliconilor
- Purificarea produșilor de secvențiere
- Electroforeza capilara
- Interpretarea rezultatelor
Dificultatile diagnosticului molecular sunt cauzate de:
- Gene foarte mari (mii de nucleotide), numerosi exoni
- Mii de mutații diferite deja identificate
- Aproximativ 100.000 de nucleotide de “citit” la un test BRCA
- Numeroase polimorfisme benigne la nivelul genelor analizate
- Aproximativ 50% din variantele de secventa identificate sunt incerte din punct de vedere patogenic (unclassified variants)
- Numeroase situatii de fals-pozitive / fals-negative
In urma testarii moleculare se pot obține 5 categorii de rezultate:
- Adevarat pozitive: individul testat prezinta mutatia ce a fost testata;
- Adevarat negative: individul testat nu prezinta mutatia identificata in cadrul familiei; riscul de cancer este echivalent cu al populatiei generale;
- Negative: pacientul cu cancer a fost testat pentru o anumita mutatie dar rezultatul este negativ iar agregarea familiala este datorata factorilor de risc exogeni comuni;
- Neinformativ: nu se identifica o mutatie specifica desi exista in cadrul familiei o agregare a unui cancer. Aceasta situatie apare atunci cand mutatia se regaseste in alta gena decat cea testata. Desi cancerul pare a fi ereditar, nu se poate identifica o mutatie specifica;
- Varianta cu semnificatie necunoscuta: se idenfica o varianta de secventa genica, dar fara a se cunoaste daca aceasta este o varianta normala sau una patologica. Corelatiile cu datele epidemiologice si clinice pot sugera semnificatia acesteia.
Variantele de secventa identificate sunt clasificate astfel:
- Neutre – lipsite de patogenicitate (polimorfisme commune)
- Probabil neutre
- Variante cu patogenicitate / semnificatie necunoscuta (UV – Unclassified Variant)
- Probabil patogenice
- Patogenice (mutatii deletere)
Erorile ce pot surveni in diagnosticul molecular :
1. Erorile datorate manipularilor
- contaminare
- amestecarea probelor
- erorile de codificare
2. Fals-pozitivele
- identificarea unei mutatii care nu exista
- “supraevaluarea ” unei UV
3. Fals-negativele
- neidentificarea unei mutatii existente
- “subevaluarea ” unei UV